A két és fél éves edzés után Naruto hazaérkezik Avarrejtekbe. Ezzel közel egy idõben feltûnik az Akacuki nevû titokzatos bûnszervezet. Célja, hogy összegyûjtse mind a kilenc hatalmas erõvel bíró farkas démont, köztük a Naruto testébe zárt kilencfarkú rókadémont is. Avarrejtek több nindzsája, köztük a 7-es Csapat is felveszi a harcot a szervezettel, és kísérletet tesznek Szaszuke felkutatására is. Habár sikerül megmenteniük az Egyfarkú démon dzsincsúrikijét, Gárát, az Akacuki így is sikeresen elkap hét démont. Szaszuke eközben elpártol Orocsimarutól és szembeszáll Itacsival. Bár összecsapásuk közben Itacsi életét veszti, Szaszuke bosszúja mégsem teljesül be, mivel az Akacuki egyik tagjától, Ucsiha Madarától megtudja, hogy bátyját Avarrejtek vezetése utasította a klán kiirtására. A felismerés fájdalmától és haragtól vezérelve Szaszuke összefog az Akacukival, hogy elpusztítsa Avarrejteket. Mindeközben az Akacuki több tagja is elesik az Avarrejtek nindzsáival vívott harcok során. A szervezet vezetõje, Pain, megtámadja a falut azzal a céllal, hogy elrabolja Narutót. Terve nem sikerül, a Narutóval szembeni csatában alulmarad. Közben Cunade, mialatt megvédi a falusiakat Paintõl, felhasználja minden erejét, kómába esik, ezért leváltják a hokage pozíciójából. A káoszban Danzó veszi át a hatalmat.
Pain halála nem töri meg az Akacukit, Ucsiha Madara Avarrejtekbe küldi Szaszukét, aki végez Danzóval, Kiszame pedig a Nyolcfarkú elfogását kapja feladatul. Közben megjelenik az Orocsimaru képességeivel rendelkezõ Kabuto, aki szövetséget ajánl Madarának, s ereje fitogtatásául feltámasztja az Akacuki megölt tagjait. Eközben Naruto edzésbe fog Gyilkos Méh vezetésével, hogy képes legyen irányítani a kilencfarkú rókadémont, melyet sikerül egy megfelelõ pecséttel elzárni. Késõbb kiderül Naruto számára is, hogy a helyszín, ahol tartózkodnak egy óriási teknõs, mely valójában Felhõrejtekbe szállítja õket az egyesített sinobi erõkhöz. Az egyesített sinobi erõk az öt nagy nemzet nindzsáit tömörítik egybe az Ucsiha Madara és Kabuto vezette Akacukival való összecsapásra. Kiderül, hogy Madara Zecu klónjaiból egy klónhadsereget hozott létre, melynek létszáma közel azonos a sinobi haderõével, mintegy 100 000 fõ. A negyedik nagy nindzsa háború kitör, elõjátékaként Kabuto feltámasztja az összes halott dzsincsúrikit, kagét és számos különleges képességû nindzsát, a másik oldalon pedig a sinobi erõk élére Gára áll.